Опера М. Мусоргского «Борис Годунов» появилась в репертуаре театра 19 декабря 1997 г. в концертном исполнении, 7 апреля 1998 г. – состоялась ее премьера. Режиссер Михаил Михайлович Бурцев, дирижер Вячеслав Иванович Прасолов, сценограф Леон Аршакович Тирацуян, художник по костюмам Татьяна Васильевна Изычева. Эта опера стала своего рода возрождением жанра в марийском театре – с нее вновь на сцену вернулись сценические полотна крупного масштаба, русская и зарубежная классика. В главных партиях: Борис Годунов – Владимир Александров, Ксения – Лидия Бочкарева, Галина Михалина, царевич Федор – Мария Макарова, Светлана Сушкина, Шуйский – Владимир Добрынин, Юрий Пичугин, Мария Мнишек – Алевтина Смирнова, Самозванец – Александр Швед.
4 августа 2012 г. новая версия этой оперы стала премьерой в рамках фестиваля спектаклей под открытым небом «Летние сезоны». События истории ожили на фоне Благовещенской башни. Режиссер, сценограф Сергей Иванович Шепелёв, дирижер Рубен Вагеевич Агаронян, хормейстер Ольга Константиновна Жилинская, художник по костюмам Т. В. Изычева. Борис Годунов – Александр Матвеев (Санкт-Петербург), Дмитрий Романько, Ксения – Валерия Баландина, Шуйский – Олег Логинов, Мария Мнишек – Любовь Добрынина, Алевтина Смирнова, Самозванец – Дмитрий Сёмкин.