Сергей Иванович Шепелёв родился 6 апреля 1973 года в Томске.
В 1994 году поступил в Томское областное музыкальное училище им. Э. Денисова, на отделение сольное пение (баритон), класс Кравченко Светланы Николаевны.
После окончания музыкального училища в 1998 году в качестве солиста принят в Северский музыкальный театр.
В 2001 году поступил в Санкт-Петербургскую Государственную консерваторию им. Н.А.Римского-Корсакова на кафедру музыкальной режиссуры, вокально-режиссерского факультета, в класс заведующего кафедрой, народного артиста России, лауреата Государственной премии, профессора Гаудасинского Станислава Леоновича.
В 2005 году в качестве режиссера принят в режиссерское управление оперы Санкт-Петербургского Государственного академического театра оперы и балета им. М. Мусоргского − Михайловского театра.
C 2006 по 2008 г. − преподаватель на кафедре оперной подготовки вокального факультета Санкт-Петербургской консерватории им. Н. А. Римского-Корсакова.
В Михайловском театре как ассистент режиссера принимал участие в постановках: «Петр I», «Сильва», «Три мушкетера», «Любовный напиток».
В 2005 году осуществил здесь постановку оперы «Иоланта» П. Чайковского.
В 2007 г. поставил «Черное домино» Д. Обера в театре оперы и балета при Санкт-Петербургской консерватории.
В 2009 г. − «Баронессу Лили» Й. Хуска в Северском музыкальном театре.
В 2010 г. − оперу «Служанка-госпожа» Дж. Перголези на сцене «Петербург-концерт».
С ноября 2011 года главный режиссер в Марийском театре оперы и балета.
С. И. Шепелев гармонично сочетает в себе талант режиссера-постановщика и сценографа, во всех своих спектаклях он выступает в качестве универсального постановщика, что дарит его сценическим полотнам гармонию и взаимопроникновение действия и художественного оформления. Обладая прекрасными режиссерскими данными, С. И. Шепелев зачастую выступает и в качестве педагога, занимаясь с вокалистами и хором.
Его режиссуру отличает особое обаяние, классичность, психологичность. Его трагические оперы, например Дж. Верди «Риголетто» и «Травиата», Дж. Пуччини «Мадам баттерфляй» и другие неизменно вызывают слезы на глазах зрителей, а комические произведения, например, опера С. Прокофьева «Любовь к трем апельсинам», вызывают неподдельный смех и веселье. Он умеет воздействовать на зрительскую природу простыми методами, создавая искренние произведения.
В силу должности в обязанности С. И. Шепелева входят не только новые постановки, но и репетиции давно идущих, их возобновление, вводы исполнителей, и даже в самую, казалось бы, рутинную работу С. Шепелев вносит яркую творческую черту, переосмысливая материал.
Помимо режиссуры спектаклей, С. И. Шепелев бессменный режиссер многочисленных концертов, проходящих в театр. Каждый из его концертов уникален и по программе, и по сюжету, он не подходит к делу обыденно, но всегда внимательно, с фантазией, с любовью к зрителям и театру.